開始使用流式細胞儀，第一步是準(zhǔn)備要分析的樣品。從細胞培養(yǎng)物，血液或分解的組織中獲得的細胞應(yīng)制成懸浮液。將該細胞懸浮液分成數(shù)個試管進行染色，保留未染色細胞作為對照。通過添加標(biāo)記有熒光探針的抗體或染色細胞成分的染料對其他細胞樣品染色。分析細胞內(nèi)蛋白質(zhì)時，首先必須將細胞固定（使用福爾馬林緩沖液）并進行透化（使用透化劑），以使抗體和染料進入細胞。細胞與抗體或染料孵育后，將細胞在緩沖液中洗滌，然后重懸在基于鹽的緩沖液中進行分析。然后將準(zhǔn)備好的樣品引入流式細胞儀。

細胞分選原理：

在壓電晶體上加上頻率為30kHz的信號，使之產(chǎn)生同頻率的機械振動，流動室也隨之振動，這樣通過測量區(qū)的液柱斷裂成一連串均勻的液滴。

在細胞形成液滴以前，各類細胞的特性已在測量區(qū)被測定并儲存。如果其特性與要分選的細胞相同時，儀器就在這類細胞形成液滴時給該液滴充與指定的電荷，這樣，當(dāng)被選定的細胞形成液滴時就帶有特定的電荷，未被選定的細胞形成的細胞液滴及不含細胞的空白液滴不被充電，也就不帶電荷。

帶有電荷的液滴向下落入偏轉(zhuǎn)板間的靜電場時，依據(jù)所帶電荷符號向左或向右偏轉(zhuǎn)，落入指定的收集器內(nèi)，不帶電荷的液滴不發(fā)生偏轉(zhuǎn)，垂直落入廢液槽中排出，從而實現(xiàn)細胞的分類。